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洪秀全写了讨伐杨秀清的密诏，由陈承瑢派人秘密发放给北王韦昌辉、翼王石达开和燕王秦日纲。
这个时候韦昌辉和秦日纲正在天京附近征集粮草，他们俩收到密诏，立刻联合在一起商讨诛杨事宜。
而石达开收到密诏则心里非常矛盾，他人在江西，一路上走走停停，不愿意参与这次诛杀杨秀清的计划。因为他觉得杨秀清虽然跋扈，但他对天国的贡献实在太大，不愿意手里沾自家兄弟的血。
韦昌辉见石达开迟迟不来汇合，就甩开了他，和秦日纲会兵一处，共计六千精兵准备讨伐杨秀清。
在天京城内陈承瑢的配合下，夜里悄悄进入了天京城。
而杨秀清骄纵惯了，完全没想到会有人对自己动手，东王府上下都非常松懈。
凌晨，韦昌辉和秦日纲包围了东王府，东王府将士被打了一个措手不及，几乎是束手待毙。
杨秀清刚刚起身，正在洗脸，就被北王的亲兵抓了起来。他万万没想到这个时候，韦昌辉居然会带兵进入他的东王府。
对杨秀清早就恨之入骨的韦昌辉终于举起了屠刀，砍了杨秀清的脑袋。杨秀清至死都没明白，为什么韦昌辉敢对自己动手？他更想不到他认为是傀儡的洪秀全对自己动手了。
天王的命令是只杀杨秀清一个，毕竟杨秀清的部下也是自己的部下，天京城内和东王有关联的人太多了，如果都要杀，那得杀多少？
但韦昌辉并没有理睬，他压抑了太久了。而且他认为就是因为杨秀清不够狠，才导致了今天的下场，所以他必须斩草除根。韦昌辉把东王府上上下下数百口人全杀了，彻底发泄了自己被东王一直打压的怨气。
洪秀全得知也无法阻止了，只能对外发布圣旨宣称：东逆杨秀清图谋不轨，想称万岁，死有余辜。
但天京城的人得知这个消息，可以说是炸锅了。
天京内的队伍很多都是东王的嫡系，以东王至高无上的地位，怎么能说杀就杀？而且还是满门抄斩，大家纷纷要讨个说法。
韦昌辉这个时候有些紧张了，他害怕这些人要为杨秀清报仇，来找自己麻烦。
结果他让陈承瑢假借天王名义，对外宣传要惩罚韦昌辉和秦日纲，让东王的部下来看。六千多东王的嫡系队伍放下武器被骗到几间巨大的房子里，然后被锁在里面，并点燃了布置好的炸药。
可怜这些身经百战的老兄弟，没死在清军的刀下，却惨被自己人屠杀。炸药炸完后，北王的队伍又手持利刃进来，他们露一只胳膊在外，进来后见人就砍，把少部分没炸死的人都砍死了。
韦昌辉杀了这些人之后，还不放心，他又在城里展开新一轮大清洗。把那些被杀者的家眷也通通抓起来杀掉，无论是怀孕的妇女还是尚在吃奶的孩子，这场屠杀持续了近一个月，总共杀掉东党两万多人。
洪秀全几次下诏让他住手，不能再杀了，但韦昌辉已经杀红眼了，根本听不进劝告。
通过不断的杀戮，韦昌辉不在是那个唯唯诺诺的东王跟班，他露出了真实的面目。他想取代东王，让天国进入北王时代。
这个时候石达开把队伍留在安徽，只身到达了天京，他质问北王为什么要杀这么多人？
而韦昌辉却认为石达开心向杨秀清，是来讨伐自己的，没有答话但心里对石达开动了杀意。
当晚有人告密石达开北王要杀他，在心腹的帮助下，石达开沿着绳子爬下城墙，逃出天京城。
韦昌辉找不到石达开，他一面派秦日纲去追，一面包围了翼王府，将翼王府男女老少也全部杀害。
这个时候韦昌辉可以说是在天京人神共愤了，而他自己也感觉到了这一点，他没有停手，反而带兵去天王府，准备连天王也一起杀了，这样他就成了太平天国的一把手了。
洪秀全早就堤防他这一手，他一面牢牢防守天王府，一面昭告天京所有将士韦昌辉为北奸，人人得而诛之。
韦昌辉攻不下天王府，他的部队也出现了叛变的苗头，部下纷纷离他而去，最后他手里只剩下三百人还效忠于他。
天王下令北王部下和从犯既往不咎，只杀北王一人，韦昌辉这下彻底孤家寡人了，几天后孤单一人的韦昌辉在一哨卡被群众抓住。
天王下令将韦昌辉五马分尸，罪名是不分青红皂白，乱杀文武大小男女。
这个时候翼王石达开已经带领大军直奔天京而来，并要求诛杀秦日纲和陈承瑢这两个北王的帮凶，以安民心。
天王虽然不情愿，但为了翼王能辅佐支持自己，还是下令杀了秦日纲和陈承瑢，并把他们两人的脑袋和北王韦昌辉的脑袋一起送到石达开手里。
当石达开带着大军到达天京后，这个时候全体天京的军民都把希望寄托在了石达开的身上，呼吁天王把军国大事交给翼王处理。
但这个时候洪秀全担心石达开会成为新的东王，把自己架空，虽然他把军政大权交给石达开，却又重用了自己两个同宗哥哥洪仁发、洪仁达在朝政上牵制翼王。
洪仁达洪仁发这两兄弟没什么真本事，但给翼王添乱的本事还不小，并且喜欢给天王打小报告说翼王的不是。
石达开血性耿直，自尊心也强，他认为天王并不能完全信任自己。一丝寒意在他心里升起，心高气傲的他不愿意受到小人的牵制和打压，石达开对天国彻底失望了，于是他决定自己走人。
石达开带着数千人离开天京，并沿途张贴告别信，说明自己离开天国的原因。在他的感召下，大约有十万太平军民跟着他离开了天国。
石达开出走了，分家单过了，刚刚遭受重创的太平天国元气又一次大伤。
于此同时，湘军重新整军完毕，打算卷土重来，在湖南周围已经磨刀霍霍起来。太平天国的局势又开始危险起来。