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威廉不但从英格兰教会手中收回什一税，更向坎特伯雷大主教下手，不但废除了斯蒂甘德神父的坎特伯雷大主教之位，更以贪腐和勾结叛乱贵族的名义将斯蒂甘德神父送上了王廷审判。
斯蒂甘德神父在就任坎特伯雷大主教期间聚敛了令人称羡的财富，就连威廉都对它们垂涎三尺，这次威廉对付斯蒂甘德神父就是奔着他手中的巨额财富去的。
王廷法院是威廉手中对付教会的利器，很快斯蒂甘德神父就被审判有罪，剥夺了坎特伯雷大主教的教职，随后威廉将他的财产都收归王室所有。
因为斯蒂甘德神父的家族也同样因为参与了斯蒂甘德的疯狂敛财而身家不菲，威廉也同样罗织罪名将斯蒂甘德神父家族全都剥夺了财产后送进了监狱中。
约克大主教是英格兰教会的首脑，他曾为威廉举办加冕典礼，在英格兰贵族和教士中威望卓著。
为了反对威廉的残暴统治，约克大主教以未作许诺为由，坚决抵制国王收回什一税的要求，反对威廉罢免坎特伯雷大主教的决定，要求归还一切教会资产。
为此，他派出自己最信任的费内斯神父布尔吉尔德前往罗马向教皇申诉，控诉威廉的累累罪行。
同时作为应对，约克大主教不顾王廷任命的新任坎特伯雷大主教，擅自选举盎格鲁萨克逊人教士埃德里克为坎特伯雷大主教。
威廉愤怒至极，约克大主教带头和自己屡屡作对，这是对他权威的严重挑衅。
作为报复，1048年春，威廉下令征调牧师和教士封臣的部分收入充公，又遭到主教们的反抗。
不久，国王又要教士比照俗人交其动产及收入的1/13资助王室，约克大主教予以抵制，但终不堪王之威逼而离英流亡。
随着冲突升级，威廉不顾教会的反对，将因任职者病故、出逃而教职空缺的主教区、修道院的财产、收入纷纷收归王室。
据不完全估计，仅见诸王室账簿的源于教会的收入，在1045年威廉加冕英格兰国王时为400镑，但仅仅在威廉对英格兰教会进行改革后的1047年最后一个季度，王室收入中源于教会的收入就已经已达5700镑，预计未来1048年全年这笔教会收入则能激增至24000镑。
1048年8月，教皇的干涉如期而至，新任教皇克达马苏二世派使节申斥威廉的残暴行进，任命埃德里克为坎特伯雷大主教，不承认威廉任命的坎特伯雷大主教赫尔曼，同时教皇还任命逃亡罗马的约克大主教为红衣大主教。
实际上，此时的教、俗权冲突，在很大程度上是英国封建王权与罗马教廷争夺英国教会统治权的交锋，英国教会贵族在矛盾激化时基本上未与国王正面对抗。
1048年8月9日，神圣罗马帝国皇帝亨利三世的表兄弟、诺德高伯爵和德意志主教布鲁诺在亨利三世的帮助下登上了圣伯多禄的御座，继任教皇，称利奥九世。
和两个前任一样的德国人，利奥九世在位五年(公元1049一1054年)，是克吕尼运动的强力支持者，正因为他有改革的热诚，才被皇帝指派为教皇。
他下令改组教廷，高级神职人员均由克吕尼派僧侣担任，要求各级教士实行严格的独身制，防止教产转移到俗人手中，宣布所有教产都属于教皇，应向罗马教廷纳税。
作为一位狂热的克吕尼派僧侣，威廉强行收回教会财产、废除教区、征收什一税和任免教职的行径自然受到了利奥九世的敌视。
1048年，教皇利奥九世颁布“禁教令”，禁止在英举行有关宗教仪礼后，一些英国主教即逃往苏格兰和欧洲大陆，使民众正常的宗教生活颇受影响。
不过，英国的教务活动并未完全停止，此时威廉还“选举”出齐彻斯特、埃克塞特、林肯、利克菲尔德等4个教区的新主教。
同时，作为威廉的亲信，萨瑟克主教希尔维斯特、阿宾登主教弗朗特、圣保罗主教怀蒙特等诺曼人主教们都是威廉王的重要朝臣，他们频繁参与国政。
随后威廉频繁废除各郡盎格鲁萨克逊人主教，同时任命诺曼人教士为各地主教神父，掌管各郡堂区修道院。
随着威廉宗教改革的不断深入，英格兰王国境内大部分教区主教、堂区和修道院都已经被威廉任命的诺曼人主教、教士们所控制，原本由英格兰教会征收的什一税也源源不断地汇入威廉的王室金库中。
1048年10月，教皇见威廉屡教不改，宣布将威廉开除教籍，要求威廉向教皇称臣纳贡，归还所掠教产，让约克大主教回英任职，赔偿英教会在冲突期间所受的损失。
因为威廉宗教法上成为任何信徒都不得接触的人，所以许多忠于他的主教只好离开英国，但也有许多主教和教士们不顾教皇的命令，依然效忠于威廉。
而这其中，大多数都是威廉新近任命的诺曼人主教和教士，离开的几乎都是盎格鲁萨克逊人。
威廉是诺曼人的王，他和全体诺曼人是利益共同体，他们之间紧密关系不是远在罗马的教皇所下达的一个区区破门律，简简单单地将威廉革除教藉就能离间的。
另一边，受够了教会的限制和剥削，威廉这次是铁定了心要和罗马教廷死磕到底。
1048年11月，英格兰御前会议通过了《至尊法案》，宣布国王是英格兰教会独一无二、至尊无上的首脑，并将与罗马教皇断绝一切往来。
《至尊法案》的颁布意味着威廉不仅是世俗的最高统治者，也是宗教上的最高统治者，英国所有教会不再听罗马教皇的指挥。
与罗马教廷决裂后的英国教会称“安立甘教”，又称“圣公会”，具有国教的地位。
威廉进行宗教改革的根本目的是抑制教权，加强王权，不仅对教义没有进行多少更改，就连他本人也没有宣布放弃天主教信仰，改革后的英国国教安立甘教保留了主教制等天主教传统。
随后威廉先后制定了“十条教规”，简化了天主教仪式，发布了“十七条指令”，国教化和国家机构化了英格兰国会，废除了修道院制度，没收了修道院土地，杀掉了许多反对者。
从此英格兰的教会与罗马教皇脱离关系，英国国教会成立。