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这其实是碰巧了，因为此时正是全新世开始，即第四纪冰期的最后一次冰期结束不久。之前《史前大洪水》章节中详细介绍了前因后果。
这次由海啸引发的洪水之后，世界范围内海平面大幅上升，从此中国大陆与台湾和印度尼西亚分隔开来。并且洪水将中国大陆的东南部淹没，即使华北地区也被淹没，只有蒙古高原和西北地区未被淹没。祝融氏的短暂统治结束，燧人氏开创的帝都灵台（河北徐水）也被淹没。史前时代中期结束，世界历史进入新石器时代。
伏羲因为领会了八卦，对天气的变化较普通人更加敏感，他预测到了即将发生空前的洪水灾难，于是号召族人们跟随他向西迁徙。由于平时人们发现他对天气的预测比较准确，所以纷纷呼应他的号召。而他也没有忘记通知他的母家有娲氏部落，他们对他也比较信任，于是两个部族结伴撤向西方。
在撤退的过程中，洪水果然发生了，两个部族加紧行动，终于在洪水到来之前，登上了六盘山。山上有很多猛兽，由于人类侵入到了猛兽聚居的地方，引起猛兽的攻击。虽然逃往山中的其它各族人类也不少，但是经过猛兽的侵袭，活下来的就很少了，抱团的伏羲部落和女娲部落幸存更多。他们以六盘山为主要防御洪水的前沿，主要分布在甘肃至青海一线。今天甘肃天水还存留有伏羲庙，始建于明代成化年间，后经九次重修，形成古建筑群。
两个部落成为东部幸存的少数族群，于是开始互相通婚，结成部落联盟。至于说兄妹什么的，实际上两个部族都是燧人氏的后代，所以也能搭上边，但事实上他们仍然是实行族外婚，已经算是近亲了。伏羲作为联合后的第一任族长，成为大洪水之后的第一位联盟共主。
伏羲模仿自然界中的蜘蛛结网而制成网，教会了人们用网捕鱼的方法，改进了人们的渔猎技术；同时教民驯养野兽，其部落是当时最早驯化家畜的部落。
伏羲始造文字，用于记事，取代了织女发明的结绳记事。
据司马贞《三皇本纪》载：“太昊伏羲氏，日月象其明，龙河马图神其应，洩阴阳之秘，奥八卦爻象之先，配干支，作甲子。作二十五玹之瑟，龙师纪官。始庖厨，倡六兽，之先帝也。端拱于上，诸臣分理于下。”
伏羲发明二十五弦之瑟，创作乐曲歌谣，将音乐带入人们的生活。开创了中华菜肴的制作。
伏羲取蟒蛇的身，鳄鱼的头，雄鹿的角，猛虎的眼，红鲤的鳞，巨蜥的腿，苍鹰的爪，白鲨的尾，长须鲸的须，创立了中华民族的图腾龙，但伏羲并没有将自己称为龙，现在说他龙首人身的都是后人的称谓。实际上伏羲是以龙代表盘古。属于原始宗教动物崇拜的巅峰。今天华夏人自称龙的传人由此而来。
伏羲的部落称王110年，并不是说伏羲活了110年，以当时的医疗卫生条件，是很难办到的。实际上是伏羲氏部落统治了9750～9640年）。
伏羲氏部落逐渐统一了大洪水后华夏各地流落的各个部落，在洪水退去之后，定都在河南陈地，曾经封禅泰山。
河南淮阳位于中原腹地，古称宛丘，是上古时太昊伏羲之都，周代为陈国，战国归楚。史称“陈楚”。以后历代或府或郡，所辖大约相当于今周口市区域。
太昊陵，即伏羲的陵庙，位于河南淮阳县。太昊陵占地875亩，规模宏大，始建于春秋，增制于唐代。
伏羲氏将其统治地域分而治之，而且任命官员进行社会管理，为后代治理社会提供借鉴。
一般认为，中华民族早期血脉来自于华夏、东夷、苗蛮三大族群，到秦汉之际形成为中华民族的主体血脉。炎帝和黄帝是华夏族的代表。伏羲是三大族群共同尊奉的先祖。在当代社会，汉族和许多少数民族仍然保留着伏羲创世神话和祭祀伏羲的习俗。
BC9640年，有娲氏受伏羲氏的禅让成为新的部落联盟中心部落。女娲氏，又称女希氏、有蟜氏，是中国传说时代的上古母系社会时期部族。其首领被尊为华夏族始母，中华民族共同的人文先始，古神女而帝者，是炎黄二帝的母族，位列“三皇”、“五氏”之一。相传是华胥氏之女。其图腾象征初始为“蜗”，成为皇，并且部落中女子世代为伏羲氏及其后裔的王后，因此图腾后改为凤凰。
凤凰的形象是：鸿前、麟后、鹳颡、鸳腮、龙文、虎背、燕颔、鸡喙、五色备举。善于飞翔，“晨起丹穴，夕萃轩丘，日未移晷，周章九陵”秉性高洁，善良，是众鸟之王，又是吉祥之神（伏羲命龙，女娲运（云）凤（凰））。
史书《太平寰宇记》载：“（西华）县西二十里，旧传女娲之都，本名娲城。”现存明代碑刻亦载：“思都岗乃女娲之故墟也。”古老之女娲城，因兵燹水患屡修屡毁。考古发掘出春秋时期女娲城遗址，并同女娲陵。后由民间自发修陵筑庙，沿袭传统庙会，拜祭女娲人母，尤以农历初一、十五香火最盛，每年光顾者达二百余万。
下面是关于女娲补天的传说：
《淮南子·览冥训》相传：远古时代，四根擎天大柱倾倒，九州大地裂毁，天不能覆盖大地，大地无法承载万物，大火蔓延不熄，洪水泛滥不止，凶猛的野兽吃掉善良的百姓，凶猛的禽鸟用爪子抓取老人和小孩。在这种情况下，女娲冶炼五色石来修补苍天，砍断海中巨鳌的脚来做撑起四方的天柱，杀死黑龙来拯救冀州，用芦灰堆积起来堵塞住了洪水。
这个传说代表着洪水时期，人类躲到了山上，侵犯了猛兽的领地，猛兽因此不断地袭击人类。有娲氏的首领女娲带领人类击杀猛兽和水怪，在重要地段修建堤坝，抗击史前洪水。在这一过程中发挥着中流砥柱的领导作用，世代为后人所铭记。所以在伏羲氏的部落衰落之后，人们便共同推举女娲继续领导人类，成为部落联盟的共主。